Das Kompetenzzentrum wird getragen von den Departementen für Evangelische und für Christkatholische Theologie der Theologischen Fakultät der Universität Bern sowie von den Reformierten Kirchen Bern-Jura-Solothurn.
Es steht unter der Leitung von Prof. Dr. David Plüss und Prof. Dr. Angela Berlis.
Eine wissenschaftliche Geschäftsführung koordiniert die Tätigkeiten des Zentrums und ist zuständig für die organisatorischen und administrativen Abläufe. Die wissenschaftliche Geschäftsführerin ist Dr. Katrin Kusmierz.